同时心中有些埋怨姚启圣。
此时，施琅再次请求专征的奏折递进了北京。
十月初四，明珠、李光地为施琅奏请自行进剿台澎事面奏康熙请旨。
康熙这次终于没再直接拒绝，敕谕道：“进剿台湾事宜，关系甚重，如有机会，断不可失。当度势乘机，即图进剿。这施琅所奏，可交由议政王大臣会议具奏。”
专征一事被交到议政王大臣会议上，刚刚才被敲打的杰书在会议上没有为姚启圣说话，在明珠和李光地的提前串联下，最终议政王大臣会议奏陈：施琅所奏可行。
十月初六，明珠再次面圣奏说：“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵似乎可行。”
康熙帝沉思良久，点了点头认可了明珠的话，当日便发布敕谕：“进剿海寇，关系紧要，着福建督、抚同心协力，催趣粮晌，勿致迟误，前姚启圣具题功罪定例，交与施琅遵行，具体战事交由施琅相机自行进剿，极为合宜。”
自此，施琅正式谋得进剿东宁的战事指挥权，姚启圣则被严令全权负责后勤的筹措和补给，被剥夺了战事指挥权。