前线的军镇共计四万五千人马，承天府本土的陆师被整编为五镇兵马，每镇下设两个协，每协下设两个营，每营下设三个队。
每镇共计五千人马，暂时郑经还没有想好如何对陆师进行编制，肯定不能按照郑成功时代的旧式军队进行整编，那也太侮辱穿越者的智商了。
五镇都督由老将马信担任，副都督由刘国轩担任。前后中左右五镇镇将分别由翁天佑、杨富、何义、陈莽和刘俊担任。
郑氏手中还有几支特殊的军队，其中一支是骑兵部队，这支骑兵现在已经不足千人，郑经将他交给了谢永常统管。
一支是三千人的重甲步兵铁人队，这是郑氏手中的王牌部队，郑经决定亲自掌握，副将由原亲丁镇的杨来嘉担任。
还有一支也是最令郑经头痛的特殊部队，那就是郑芝龙组建起的黑番鬼亲卫队，这支三百人的特殊部队，全部使用最先进的来复枪。
这支军队为郑经的继位立下了汗马功劳，在与倭兵队的对抗中全歼了倭兵队，并且将郑袭等人全部擒拿。这些人现在还在大牢中关押，郑经一直还没想好如何处置他们，尤其是郑袭这个亲叔叔。
可能是因为后世刻板的印象，指望郑经完全信任这些黑人士兵，打死郑经也做不到。
郑经还是需要自己组建一支完全听命于自己的卫队，就是冯锡范将来还是让他去当一个地方官为好，能不能出头就看他自己的本事。
海军以林陛手中六艘夹板船为核心，大小福船五十艘。组成前后两个舰队。前锋舰队由林陛指挥，后军舰队由蔡翼担任。
承天府的区域划分也在永历十六年底完成，承天府下辖万年、天兴、淡水、鸡笼四县，思明、澎湖、南澳三军镇。